第二章 虚伪的同学
出生在学校的俱乐部里，先在俱乐部里搜索周围的房间里的宝物吧，每个房间都要搜哦。然后出门，过桥后，遇到一个小女孩，跟她对话，她可以向你介绍学校的地形概况。然后走到学校外观1那张图上，旁边有个小女孩，跟她对话后她会向你详细的介绍关于人间兵器的事，玩家们在这里可以要好好的学习一下哟。
然后再在旁边的房间里搜索一下宝物，接着我们可以来到校舍2这张图来发生剧情了。在剧情发生后，放学的时候发现华莲不在了。于是我们又要去寻找她（华莲在中庭那张图上，也就是校舍1F中间的门）接着又是一段剧情。第2天了，鲁鲁修和桥旁边的老师对话，对话后发现自己的GEASS能力只能对同一个人使用一次。然后鲁鲁修又要返回教室去找华莲。接着又是一段剧情（讲的意思是：放学后鲁鲁修和华莲在谈话，却被学生会的米蕾会长打乱了，接着电视上播放了克洛维斯被杀的消息，嫌疑犯竟是鲁鲁修的朋友朱雀）
第三章 那个名字叫零
一开始，华莲一行人来到中庭，发现地上有一部手机，接起电话发现是一个名叫零的人打来的，然后叫他们去钟楼2层，看到了一张关于租界的墙画（一边是高楼耸立的帝国大厦，另一边是沉沦的废墟），之后再根据零的提示来到学校的屋顶找到了零本身，接着他带着KL一行去拯救了朱雀，并且还给了朱雀清白。然后零加入队伍，一行人可以从高架桥2的电梯走下来，然后遇到一个女人，与之对战胜利后发生剧情。
零把杀害克洛维斯的真相告诉了朱雀，而且赞同零所说的：“不列颠已经是一个不值得你去效忠的国家”。也感受到他对于不列颠帝国目前的现况相当担忧——也包含被帝国支配的Area、11“日本”在内。“希望从内部把它变成一个有价值的国家”。枢木朱雀的最终目标似乎是希望：建筑一个无论是什么人种都能安居乐业的国家。而他所采取的作法明显的和零有所不同，也反对零的论点：“要求得和平最简单的方法就是把不列颠给破坏掉”，他认为用斗争的手法（错误的手法）得到的和平（结果）是没有价值可言的。随后第3章结束。
零和朱雀谈话……
第四章 黑色骑士团
鲁路修回到家中后，很惊奇的发现那个神秘少女C.C也在家中，一开始不正是她给予了我们主角鲁路修GEASS这样的神奇能力吗？而自己为了救鲁路修，而中弹身亡，而现在怎么又出现在这个地方呢？而C.C还从说出他们是已经定过契约了，搞的鲁路修的妹妹还以为他们以后要成婚呢。晚上C.C睡在了床上，而让鲁路修去睡地板第2天来到学校，华莲来和鲁路修商谈有关PARTY那天零打给她的的电话之事，此时鲁路修却看到了C.C。之后，鲁路修去房顶找C.C，对话里主要讨论了关于GAESS的运用和技能持续时间的问题，之后零召集华莲一行人，想成立正义组织。之后抵达空港后，只要按零的提示从背后去寻找敌人对战就可以了，大概打了6战左右第4章落下帷幕在这里发生的剧情。
orange想一血前耻，可却被第3皇女尤菲所阻止，和尤菲一起来到这个地方的还有驾驶LANCELOT朱雀，之后这才得知优菲的身份。尤菲说：朱雀你在战争中失去了父亲，而我同样也失去了皇兄，请帮助我们吧，助我们一臂之力。当然朱雀被这样的话所打动，安然的接受了。在电视转播上zero向世界宣布黑色骑士团的成立以及黑色骑士团的宗旨——正义的使者，站在弱小者的一边。从而黑色骑士团的初阵也形成了。
又过了一天鲁路修回到学校，发现更奇怪的是，好朋友朱雀也来到了学校，汗~！真是太巧了……
之后的发展变成了任务自选模式。
