将小飞船上的少女救出后回到船上，少女醒来后和她谈话，得知少女名为ファイナ，之后上楼和船长谈话，接著和中间的人谈话后便可操作船，往前进有一个小岛，调查得到「青の空贼墓标」，接著继续前进来到「空贼岛」，进入岛中的一段蛮长的谈话后先走到最上层找船长谈话，结束后调查船长屋内的书柜可以将书柜移开，下楼梯后有一个宝箱，接著离开往村子走。村子外有三个宝箱，而在主角家旁边的墙壁上有个石板，调查后会出现一条小路，里面有一个宝箱，之后进入主角家中，对话完后往主角家前方的楼梯上去，事件结束后往地图下方的小岛，岛上有一艘船，上船后往北方前进到「神殿岛」，进入神殿内走到最上层，调查门后的石头神殿会沉下去，再往回走从另一条路进入神殿，一路往下走到最下层有一扇门，进入门内有一个头目，打倒后画面回到空贼岛，此时的空贼岛正遭遇攻击。乘船回到空贼岛，回到村子内看见村子全毁，马上到地下港口的船长室找船长，也发现船长和ファイナ两人也被带走，随后出村往北方前进，在途中遇上一条非常巨大的鱼，将主角的船吹翻，主角醒来后已经在ドラクマ的船上，可以行动后先下楼调查有图案的箱子，之后再下楼搬另一个箱子，结束后便可控制船。

一路往前飞来到「船乘の岛」，进入岛内先到处打听情报，再到酒吧找ドラクマ，接下来到酒吧对面的屋子里找老板谈话，话后先去记录便可出村。一出村子在外面遇上「黑の空贼」，双方便展开一场空中战，结束后沿著石头边一直前进便可安全的护送至目的地，也可得到「バルア入国许可证」，接著往大地图的左上方前进，顺利的进入「バルア要塞」中，经过一段谈话后便到处打听情报，再到宿屋休息，第二天到地图左下方的下水道，在下水道中有一个头目，打倒后由下水道出口上去，见到「青の空贼」的同伴们即将被处刑，正当船长被推向前准备处刑时，主角便出现将同伴救出，并和狱长发生战斗，建议先将狱长打倒，打倒后主角便在众人的欢呼声中进入下水道中，此时下水道会多一条通路。接下来和船长谈话后得知ファイナ另外被带到「バルア宫殿」里，谈话后顺著路走来到「上级都市」中，往地图右方走看到ファイナ被带上列车，主角便跟著跳上车准备救ファイナ，而正当往列车的方向前进时，后方出现追逐主角的ガルシアン，甩开ガルシアン进入列车将 ファイナ救出后，ガルシアン又出现，此时空贼的同伴们开船将列车轰成两节将主角救出，随后便进入空中战，胜利后主角便逃出此地回到「空贼岛」。

回到「空贼岛」众人询问ファイナ为何要将她带走，ファイナ便告诉众人破坏兵器「ギガス」的事。之后往地下港口，如果手把上有振动包或有将「VMの音」调为ON的话，在入口处的铁架上可得到「チャム」，使用会增加ファイナ的威力，接著到船旁和众人话别后就可开船，先前往「神殿岛」旁的岩石区，其中有两个发现物，接著到「船乘り岛」旁边的岩石区。穿越岩石区到达「マランバ」后，船长便将船开走，到酒馆内和里面的舞娘谈话后到宿屋休息一晚，宿屋二楼有一个「チャム」，隔天再到港口找舞娘就可离开「マランバ」。接著往西北方飞行会见到「ピュラミス神殿」，进入神殿后在一处有巨石落下追著主角的通道内有「チャム」，取得后一路到最下层，只要将石头推至正确位置，再调查记录点对面的石座便可通行，里面有个头目，打倒后进入后方的房间会得到「赤の月晶」，出神殿外ベレナ会要求看一下「赤の月晶」，给她后她便表露身份，原来她是第四舰队的ベレ-ザ，她将「赤の月晶」放置在石座上使「赤のギガス」复活，就在主角等人遭到攻击时，ドラクマ即时现身搭救，随后和「赤のギガス」展开空中战，经过数回的攻击后主角们撤退，改为攻击「赤のギガス」的操纵者ベレ-ザ，战斗中的选择建议都选择第二个比较不会遭到太多的攻击，胜利后ベレ-ザ将「赤の月晶」归还给主角后往西南方前进，经过一段漫长的飞行，终于来到「モンテスマ大陆」。

继续往西南飞来到「ホルテカ村」往村子左下角走到村长家中和村长谈话后，再往村子左上方走，在入口处有一个「チャム」，进入后会看见一艘坏掉的飞船，和船上的人交谈可以得到「燃烧の月煌石」，接著离开村子往西北方飞行，中途见到第五舰队正在大肆破坏，主角便上前和第五舰队战斗，胜利后往右上方前进会见到「王の小屋」，和モンテスマ王谈话后在小屋中有一个「チャム」。

接下来往西南方的「月煌石矿山」去，进入后回去的路便被封住了只能往里面前进，在里面会见到地板上有X及O的图案，只要踩著X的图案就可继续前进，接下来是三叉路，走左边的路会找到一个「チャム」，继续走下去后又遇上叉路，往右边的路走掉下去后再走中间的路，接著会在房间内见到一个人，他会将电梯启动，顺著路一路走到底会见到イサパ大神官。救出神官后却走入デ　ロシコ的陷阱中，正当デ　ロシコ预备将陷阱启动时，第一舰队的队长出现使得デ　ロシコ没办法启动陷阱，而アルフォンソ便呼叫敌人和主角战斗，胜利后主角带著イサパ大神官离开前往「王の小屋」，接著在「王の小屋」西方山顶上调查可得到「黄金像」，再来到西南方的陆地调查，得到「ダスカの地上绘」，接著往北方的山脚下可找到「ドラドの门」，进入后在地图左上角可找到「チャム」，接下来到石像处，将人の目玉放置在左侧的石像，鸟の目玉在右侧的石像，就可进入「ドラド」中。

「ドラド」中只有一条单行道，途中有一个「チャム」，走到底层会见到一个奇怪的人，一直追著他走到死路，就可跟他到山顶，在山顶上有一个头目，打倒后和怪人谈话，才知モンテスマ王已经将「绿の月晶」取走，预备让「绿のギガス」复活来对抗侵略者，当众人知道消息时，「绿のギガス」已经复活，而第一舰队也和「绿のギガス」发生冲突。正当主角要赶去阻止モンテスマ王时，デ　ロシコ出现攻击モンテスマ王，「绿のギガス」也因为无人操纵而开始暴动，主角赶到后先和デ　ロシコ的船队战斗，胜利后デ　ロシコ便撤退，接下来就是阻止「绿のギガス」的暴动，成功的阻止「绿のギガス」后会得到「绿の月晶」，之后往北方原本有铁网挡住的地方前进，来到另一个大陆。

前进途中碰上一群专门抢食物的空贼，打败他们后继续往北方前进到达「タルタスの神殿」，却无法进入神殿中，并且和士兵发生战斗，胜利后询问士兵得知「ナスル王国」和「バルア帝国」即将开战，还有最近有「モ-ビス」在附近出现，主角知道ドラクマ一直在追モ-ビス，便回到船上和ドラクマ谈话，随后开船往东北方前进，会看见モ-ビス正遭遇第六舰队的攻击，ドラクマ见状便决定和第六舰队争夺モ-ビス，却遭遇偷袭使得众人必须弃船逃生，走到船底的逃生小艇准备上船离开时，ドラクマ却不肯和众人一起走而留在船上，眼见敌人的炮火不停的朝船舰轰击，连逃生艇也因为炮火击中而坠落，和众人分开的主角醒来后在附近探查可以得到一张地图，进入附近的洞穴内主角见到床便躺下休息。另一方面アイカ和ファイナ被一名为「クロ-ネ」的空贼救起，并带往「ナスラ-ド港」的宿屋休息，接下来画面回到主角，在岛上到处闲逛和敌人战斗并收集肉，收集够了便自动到下一天，第二天是收集木材，收集五支后第二天便结束，接下来是收集五个月煌石，收集完后又过了一个星期，主角已经将船修理完成，此时旁边有船经过，于是便上了那艘船，原来船是一名叫「ギルダ-」的空贼的船，ギルダ-听完主角的叙述后决定送主角到「ナスラ-ド港」，就快到「ナスラ-ド港」时，碰上了ギルダ-的爱慕者クロ-ネ，为了躲クロ-ネ的ギルダ-便跟著主角一起进入「ナスラ-ド」。

进入ナスラ-ド后到宿屋去休息，接下来换アイカ和ファイナ行动，到酒吧和老板谈话后再回到宿屋，在宿屋门口看见地上有一位老人，救了他后会得到一张地图，之后再往北方的王宫前进，和国王谈话后便搭船离开「ナスラ-ド」往「三日月岛」北方航行，不久便见到一个名为「宝岛」的小岛，进入内部途中有一个「チャム」，在调查中间的门后便换主角行动前往宝岛，到了宝岛后踩著中间的石板，门就会打开。在宝岛内部互相交换操作两队人员，记得打开墙壁上的机关，而途中还有「チャム」，最后两队终于会面，头目也在此时出现，打倒后开后面的宝箱，里面只有一张纸。另一方面，第六舰队已经准备攻打「ナスル王国」，一回到「ナスラ-ド」后「バルア帝国」的军舰也来到「ナスラ-ド」，主角也见到第六舰队长ラミレス，接著便被带往「バルア帝国」。 被带往「バルア帝国」途中主角接到ギルダ-的伙伴准备脱逃的通知，并送来魔法钥匙，主角可以行动后先到电梯处搭电梯到二阶救出アイカ，在アイカ处和ビゴロ发生战斗，救出アイカ后搭电梯到要塞炮区，搭电梯到上层救出ファイナ，之后往回走到原先无法进入的门，进入门内到达军港区，在最上层有一个头目，打倒后バルア国的皇太子会带主角及「绿の月晶」「赤の月晶」离开バルア。

主角们便开著新飞船「デルフィナス」，先到甲板上可以找到「チャム」，再到控制台后方会找到マルコ躲在里面，接下来和ギルダ-谈话，可以行动后先到「船乘り岛」，岛上有三名船员，随后到「ナスラ-ド」，那里有三名船员，再来前往「三日月岛」，那里有两名船员，而里面有两个老人，将十万元给他们后，船便可穿过岩石区及气层，接著往「マランバ」南方的气层飞去，来到「エスペランザ」先到酒吧找到ファイナ后，再到港口找皇太子，之后到宿屋睡一觉后隔天搭船出港和第二舰队对决，胜利后往村子的西南方的黑色气层上会有个入口，进入便是「サルガッソ-」，里面的废船中都有宝物，有一艘船内有两条路，选择走右下方那一条后再来选择上层的入口后便是头目战，胜利后就可以前往东方。

往北方穿越气层，一直往北飞行会遇上攻击，胜利后登上甲板进行战斗，胜利后往北走可以到达「ヤフトマ-」 进入后会发生一小段事件，可以行动后先整理身上的装备，之后到船店内和老板谈话，选择第二个选项老板便会将主角带至「フガクヘ」，城内可找到「チャム」，接下来进入迷宫一路往台座的地方前进，调查台座会使水位上升一层，左右方的通道中都有一个石座要启动，启动后接著往大房间中间跳下去，一路往下走途中会捡到「チャム」，再走一段路后就会遇上头目，打倒后得到「绿の月晶」，接著回村子见国王，经过一夜的休息后隔天在港口发生「バルア帝国」来和「ヤフトマ-」国王交涉，可是ヤフトマ-国王不同意帝国的条件，「バルア帝国」就强行占领ヤフトマ-。公主モエギ赶去通知主角由秘密通道撤离，出通道来到一座山，在上山途中会捡到「チャム」，上到山顶遇上之前攻击主角的空贼，正当双方即将发生冲突时对方的首领出现，才知首领是公主的哥哥ダイゴ，主角将事情的始末和ダイゴ说清楚后决定夺回「ヤフトマ-」，接著下山搭船准备和帝国开战，正当双方展开空战时，一旁有人正准备使「绿のギガス」复活，另一方面主角回到「デルフィナス」准备夺回自己的船，打倒船上控制室内的ムラジ后便和第二舰队开打，胜利后「绿のギガス」也已复活，「绿のギガス」吹起一阵风将バルア帝国船舰吹飞，主角乘船上前和「绿のギガス」战斗，胜利后公主便加入队伍一起冒险，而ダイゴ也交给主角「造船の极意书」，离开此处后，第一片便结束了。

接下来往东方一直飞会见到白色的岩石区，沿著岩石区往南会见到岩石区有一个大洞，通过后一路往「三日月岛」。进入岛中搭电梯到作战室，在讨论下一个目标后出去和酒吧旁的イズレ-ル交谈便可改建村庄内的屋子，在海盗旗附近可找到「チャム」，而地

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