回到「三日月岛」后到作战室讨论下个目标，结束后乘船往「三日月岛」西方的大陆飞去，底下有一山沟可以找到「タルタスの穴」，进入一路飞到「タルタスの神殿」下，那里有「黄のギガス」正等待著主角，而「黄の月晶」也因主角的到来而觉醒，战斗后解决「黄のギガス」取得「黄の月晶」后回到「三日月岛」，会遇上ギルダ-来访，睡一觉后往港口去ギルダ-会告诉主角情报，接著便出岛往「船乘の岛」的西南方低飞，会见到「ダングラ-ル基地」。

在基地中ガルシアン正和六位舰队长举行会议，表示要背叛帝国，看完后主角便侵入基地内，走到船舶停放处的书桌旁可以得到「大云海潜航仕样书」后接著离开基地，在途中遇上ガルシアン和グレゴリオ，グレゴリオ为阻止ガルシアン的野心而协助主角逃离，等到主角逃离后グレゴリオ也被ガルシアン杀害，回到「三日月岛」将「大云海潜航仕样书」交给港口旁的ブラバム后便开始改造船，过了十天船便改造完成，接下来到「神殿岛」南方低空域的「大涡卷」底下搜查ファイナ的小艇，搜查方法是按b钮探测范围内那里会有问号，探测出哪里的问号不会消失后调查，会找到ファイナ的小艇，而デ　ロシコ的船会出现阻挠，将デ　ロシコ击败后便可出「大涡卷」，而「大涡卷」里面有两个「ウンデイ铁」记得要取得。接著往「船乘の岛」前进，中途碰上黑之空贼而发生战斗，胜利后到「船乘の岛」和皇太子谈话后回到「三日月岛」，当晚举行了欢送ファイナ的晚会，宴会途中ラミレス突然来袭，主角不仅败在ラミレス手下，连辛苦收集的月晶也被拿走，经过一阵谈话后得知最后的银之月晶在ラミレス和ファイナ的身体中，所以一直要将ファイナ带走，正当一行人危急时ギルダ-和クロ-ネ出现救了主角，可是ファイナ身体中的「银の月晶」已经被ラミレス取走。

回到基地后ファイナ请求主角到「银の大神殿」阻止敌人的野心，另一方面皇太子回到帝国告知女王ガルシアン的阴谋，女王听完后却决定等到ガルシアン将计画实行后再出面夺取成果，皇太子强行阻止但却失败。接下来换主角行动，到南方岬搭小艇前往「银の大神殿」，进入神殿后往中间的转移点传送至内部，接下来一路往上来到长老处，长老为主角解说银之一族的历史，而ガルシアン及ラミレス在此时出现将大长老杀害，并夺取长老身上「银の月晶」，之后长老便将众人传送回小艇处。

回到「三日月岛」后往「ダングラ-ル基地」去，进入基地内会见到新建好的电梯，搭电梯时又遇上ビゴロ，打倒后继续前进到下层，会见到ガルシアン及ラミレス正准备使「银のギガス　ジェロス」复活。ラミレス见到主角便呼叫敌人攻击，打倒后「银のギガス」即将复活，「アトランティア大陆」也将浮起，当主角逃回到基地后往「アトランティア大陆」前进，却因「アトランティア大陆」周围有防护罩而无法进入，此时ガルシアン引发第一次「灭びの雨」，バルア帝国被轰的面目全非。回到「三日月岛」，正当众人商议不出进入的方法时，皇太子及ドラクマ来到此处加入主角，而所有昔日合作过的同伴也一一到来，在浩大的声势下组成了空贼连合军准备进攻「アトランティア大陆」，隔日醒来后到港口，搭船出港在主角的一声令下便出发往「アトランティア大陆」前进。

到达「アトランティア大陆」和ガルシアン的舰队战斗，胜利后和ガルシアン的「军舰要塞」对决，经过一番激烈的战斗终于将它击沈，接著主角便进入要塞中，在甲板上的左方通道及右方的楼梯各有一个宝箱，取得后由最左方的楼梯下去后就是和ガルシアン对决，打败他后ガルシアン趁机逃跑，但中途ベレ-ザ以同归于尽的战法使得两人都命丧当场，ラミレス见状愤怒的准备再次使用「灭びの雨」，此时「银の大神殿」的长老们使整座神殿撞向「アトランティア大陆」，阻止「灭びの雨」的发动。接著前往「神殿岛」，在进入之前可以在船上交换同伴，岛上没有机关，只要一直走就会见到ラミレス。此时的ラミレス已经是完全的疯狂状态，打败他后ラミレス会启动「银のギガス　ジェロス」的正体，主角决定在机能尚未恢复前将其破坏，经过长期的苦战，终于将「银のギガス」破坏，但ギガス的核心却落在甲板上，而ラミレス又在此现身，接著便是与ラミレス的最后一战，胜利后就是感人的结局了。

攻略补充：

在地图的最东南方的空域有座リュウカソの岛，里面有名武器商人会加入。

地图北方中央的高空域有座アルキュミスの岛，只要有学到银之煌术的ライゾソ里面的人就会加入。

在空贼岛里叫パウ的动物也是船员。

「アトランティア大陆」附近的空域的一艘船上也会加入船员。

在「ヤフトマ-」村子的第二层搭木桶从瀑布掉下去那里会有个木工加入，接著到酒馆去那里也有名船员。

在「船乘の岛」的灯塔上的窗户调查可以得到ヒソの手纸，接著到「ホルテカ村」在山顶和酒馆各有名船员会加入。

在将三日月岛上的武器屋改建过后，身上如果有在大涡卷里拿到的两个「ウンデイ铁」再和武器屋老板交谈的话，他会帮主角打造一把龙贯鬼斩剑。

如果玩家们有耐心的收集发现物的话在三日月岛的作战会议室有个人会以主角收集的数量换东西给主角，最后拿到的是发现王认定证。

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