第一章 新来的转校生
这晚，第三新东京市附近出现了神秘的人开动兵器。居民们十分恐慌，而明时与真嗣也看到了这一切。接着真嗣因看到了不该看的情景，而被明日香一脚踢飞。
第二天清晨，真嗣、绫波丽和明日香三人一直上学。明日香虽然一路上唠叨没完，但真嗣与绫波丽却一副漠不前心的样子。三人以猜拳定胜负，最后输的果然又是真嗣，于是他只好一个人背着三人的书包上路。
来到学校，剑介与东治迫不及待的告诉真嗣，今天会有一名转校生到来，听说是个剪短发目性格开朗的女孩子，名子叫雾岛真奈。
课堂上，老师将真奈介绍给全班，并安排她坐在真嗣的旁边。真奈似乎对真嗣很有好感，不断主动和真嗣说话。下课后，真奈来到真嗣身边，态度十分亲近。她还邀真嗣登上学校的屋顶，两人一起眺望第三新东京市。“真嗣君，你是EVA的驾驶员吧。”不知何故，真奈对真嗣的身份十分了解。接着，她将自己的项链送给了真嗣。明日香突然到来，她通知真嗣立刻前往NERV总部。
电车风驰电掣般开往NERV总部，三位适格者坐在长椅上做着自己飞惯的事。绫波始终低着头看书，真嗣则专心至致的听着WALKMAN，明日香依旧口中滔滔不绝，这次被攻击的对象是新同学雾岛真奈。当她发现真嗣根本没听自己的话而只顾听音乐时，一怒之下将那部WALKMAN摔到了地上。真奈出人意料的在电车上出现，她请真嗣带她到NERV总部参观。
到了总部门口，虽然需要检查工作人员的身份卡，但真奈聪明的让真嗣背着自己骗过了电脑。
真嗣来到L～2的男子更衣室(男子ロツカルム)更战斗服，谁知刚脱下外衣，真奈的声音又在背后响起。
真嗣留下真奈，自己则赶去参加今天的训练。在同步率测试中，真嗣的成绩极差。明日香指责他是在想新来的转校生，训练被迫中止下来。虽然美里为真嗣说了不少好话，但碇司今仍然十分不快。心情沉重的真嗣再回去找真奈，发现她已经离开了。
回到家中，在吃晚饭时明日香送给真嗣一部新的WALKMAN，算是对白天自己行为的赔罪。似乎是对真嗣与真奈过于新热而感到不安，明日香的态度变得比平明温和了许多。
第二章 动摇的心
第二天，当真嗣和真奈一起走在街上的时候，与出来购物的美里和加持良治相遇。
在同调率测试的休息时间，真嗣来到L-2的自动贩卖机处，在这里他又见到了加持，当他向加持提起真奈的名字时，加持是有些吃惊，但还是让他多去了解一下真奈。
得到加持的鼓励后，真嗣第二天改变了发型。当他在美里与明日香面前出现的时候，那两人失声椋叫。接着便被美里强行带到洗面台前……
在上家政课的时候，明日香若真奈是在追求真嗣。窘迫之下，真奈跑出了教室。真嗣随后追出并出言安慰。
放不回家的路上，真奈与真嗣谈起“自由”的话题，言语中流露出几许忧伤。
是夜，谜之物体出现，并从湖中来到地面，莫非这是新的使徒来袭吗?
在家中，明日香提出“真奈是间谍”的论调，她认为真奈肯定是某个邪恶组织派来窃取NERV机密资料的，大家听后都不以为然。
真嗣与绫波一同走在夜晚的街道中，绫波提醒真嗣千万不要辜负碇司令对他的期望。
翌日，真奈与真嗣在图书馆相遇。两人看到芦湖地区的地图，并相约日曜日到那里去玩。
NERV总部命令真嗣外出执行任务，当他到达目的地时，意外的竟邮到真奈也在附近。与此同时，上空出现了来历不明的间谍侦察机，真嗣与美时决定暂时撤退。
在美里的车中，真嗣对真奈的身份也开始感到怀疑。因为心情不好，他一人先下车到歌舞伎町中闲逛。
在品茶店外，真嗣见到真奈正和一个不认识的男孩在一起吃东西，他那本来已十分压抑的心情此时更为阴郁了。
若有所失的真嗣在人群中漫无目的的走着，他来到一家书店，心中不在焉的翻看着书籍。没想到又一次见到了加持，此外还有赤木律子博士。
三人谈起日曜日的约会，真嗣将自己行程的安排大致讲述了一下。
