第三章 约会与敌人
回到家中，真嗣给真奈打电话，告诉了她芦湖之行的安排。真奈听后显得十分高兴。
夜里，真嗣想着近来发生的一切以及数天后的约会，一时间无法入眠。
约会当天，真嗣乘电车从第3新乐来到银铃，之后见到了身穿便装的真奈。两人按照原计划踏上行程，开始了这愉快的一天。
坐在长椅上的时候，真嗣与真奈的手握在了一起，两颗心似乎也贴近了许多。
不久前曾出现过的谜之移动物体终于被NERV捕获，通过美里和明日香的现场调查，发现此物并不是使徒，而是由人制造出来的人型兵器。另一方面，真嗣收到命令，立刻赶回总部待机。
在碇司令的命令下，同调率实验再度开始。心中颇有几分不满的真嗣来到了律子博士的研究室中。
见到了律子博士，可没想到她却决定暂时中止实验，一切等将那谜之物体回收后再行安排。
真嗣见以明日香并且得知驾驶谜之物体的人也是与自己相似的14岁少年。当听说那人正在战略自卫队的医院中治伤时，因为好奇心的驱使，真嗣便决定前去控望一番。
在医院、真嗣又遇见了真奈。真奈称那伤者是自己的朋友，明日香先行离去，真嗣则与真奈一起来到屋顶。
真嗣问真奈与受伤的少年究竟有什么关系，这时加持出现，他叫两人以后洒再到这里来。
两人离开医院，在河岸边的草地上坐下。此时夕阳西下，真奈与真嗣虽然心中有很多话想说，但一时却不知该如何表达。
真嗣的心乱极了，他不知究竟该相信谁，真奈是否真是同谍的疑问令他坐卧难安。
在芦湖，NERV的行动并未停下。碇司令希望能将中外一架谜之兵器找出来，可惜时间慢慢过去，一切均未有进展。正当美里已有些不耐烦的时候，总部的命令传来，让她与真嗣等立刻返回。
第上章 谎言与真相的缝隙中
心灵上的裂痕
回到本部后，美里和真嗣得知又是关于真奈的事情。碇司令强行命令真啁交出真奈送给他的那个项链，真嗣对此事愤怒异常。
真嗣的心被深深刺痛，美里则出言安慰。第二天，外面大雨倾盆，真奈和明日香都没来上学。面对空空的座位，真嗣的心里很不是滋味。
吃饭时，美里来找真嗣，并建议他邀请真奈晚上来家里吃饭。
晚上，真嗣接真奈来到家中，但真奈却显得有些沉默。美里亲自下厨作饭，于是真嗣、真奈、明日香和绫波丽便不得不品尝这糟糕至极的一餐。吃饭时，真奈对明日香说自己很爱真嗣，结果这顿饭便不欢而散。
从第二天起，真奈便一直没有在学校出现。就这样，又是几天过去了……
是夜，这人型兵器终于在芦湖中出现。自卫队前往阴击，战斗展开，可惜他们的炮火对那人型兵器似乎未能造成影响。NEV立刻派真嗣出击。
这天，学校放学时，真奈突然出现在真嗣面前。她焦急地告诉真嗣不久前入院的那个受伤的少年现在已不知去向，真嗣听罢便与明日香以及绫波丽陪真砂一同前往自卫队医院调查。
众人来到ICU，果然见到病房中只剩下一张空床。正当此时，一名身穿黑色西装的男子向真嗣偷袭，大家惊慌中一起躲进了洗手间。
明日香利用手提电话与美里取得联系，美里立刻驾车来到医院门外接应。真嗣等人乔装打扮，混出了大厅。
众人坐上车，飞快的逃离医院。这时，穿黑西装的男子与他的同伙驾驶一辆黑色轿车从后追来，他们甚至开枪射击，情况危急万分。
美里暂时摆脱了追兵，打电话给律子希望得到她的帮助，谁知律子一听是与真奈有关，便立刻将电话挂断了，美里无奈之下，决定强行闯入NERV总部。
在车上，真奈终于说出自己的身份，原来她和另外两名少年都是军部一个武器开发计划的驾驶员。他们在军中受训时，经常受人期负，终于有一天他们带同两部人型兵器踏上逃亡之旅。真奈亦承认自己来这里的目的，是想探听EVA的秘密，可对真嗣的感情却是真诚的。
