第五章 是否该这样分离
车子疾驶向NERV的大门，可谁知前面的路居然已被封锁。站在最前面的便是司令官、真嗣的父亲碇元渡。美里无法违抗上级的命令，只好听凭真奈被人带走。而面对真嗣的哀呼，碇司令根本无动于衷。
晚上，真嗣与里因为白天发生的事而心情极差。加持到来，他责怪美里竟对无辜的人被害而熟视无睹。
真嗣来到NERV总部在L-3的中央作战司令室见到父亲碇司令和冬月副司令，他们对真嗣的苦恼似乎并不在意。
来到L-1，沿C2通路进入庭园，在这儿又遇见加持，在加持的鼓励下，真嗣决定去寻找真奈的下落。
真嗣、明日香、东治、剑介、光等五人来到真奈的家，可惜在这里未能找到有用的线索，只看到一行巨大人型兵器的足迹，众人猜测这是真奈的同伴之一留下的。
大家根据地图以及过去人型兵器活动的范围思考良久(选四次考虑)，制定追踪之策。
上学时听到嘈杂声，真嗣来到外面看见校外有一辆货车，真奈 正被关在车后的铁笼内。
真嗣等随后追踪，来到湖边。原来，军方是想以真奈为诱饵，引她的那名同伴出现。
乐治和剑介在对岸用烟火吸引住自卫队的注意力，而真嗣则趁机来到关真奈的铁笼边。
巨大的人型兵器从湖中出现，它突破自卫队的火力网，并开始四处破坏。
军方无耐之下只好请NERV相助。美里驱车来到，接真嗣回总部启动EVA初号机。
零号机、初号机、二号机一同出动，但真嗣因为对方劫持关关有真奈的铁笼，所以迟迟不敢出手。
人型兵器开始逃走，真嗣和明日香切断了电源随后追赶，可惜直到后备电源用光也未能追上。
军部为避免这人型兵器逃离日本而引起国际争端，所以决定投下NN爆雷将一切抹消!
真嗣与奈对视良久，真奈告诉他芦湖的约会以及美里的晚餐都令自己终生难忘，而现在一切都将结束。“对不起，再见了，真嗣君!”
NN爆雷投下，人型兵器被蒸发成一快结晶。大家都认为真奈已不可能生存，但只有真嗣坚信她仍在人间。
晚上，真嗣与明日香共进晚餐，而对意志消沉的真嗣，明日香似乎也变得乖巧了许多。
第二天，真嗣独自坐在长椅上，思考着以后的路该如何去走。
结局1选择“アスカのことがになる”
真嗣找到明日香，他决定忘记真奈，于是两人一起来到芦湖边，将当初与真奈约会时的照片烧掉。虽然因为真嗣有些舍不得丢弃真奈送给他的那只项链而令明日香十分不快，但天公作美，一场大雨终于令两人相拥在一起。
结局2选择“マナのことが……”
真嗣乘火车来到附近城镇导访真奈的下落，果然找到了被救生仓所救的真奈。真嗣半她带回家中，可惜好景不长，加持来到并称如果真奈想过平静日子，就必须改名换姓，这意味着真奈将永远不能再与真嗣相见。真嗣将真奈送到车站，告别之后，两人又要继续各自的人生之路了。
结局3选择“加持さに相谈してみようか……”
真嗣心中有太多的困惑和若闷，他找到加持，希望从他那里得到好的建议。加持让他坐上汽车，此时美里和明日香驾车从后追来。众人意外的再次见到了真奈，原来这是加持的安排。为了保证真奈的安全，她将以全新的身份在别处开始新的生活。面对着即将远去的真奈，真嗣又该如何做呢?
